STRUKTUR MOLEKUL DARI ASAM NUKLEAT


Struktur  DNA

Kami berkeinginan untuk mengusulkan struktur garam dari DNA. Struktur ini merupakan fitur/ ide baru yang berhubungan untuk kepentingan bidang biologi.

Struktur untuk asam nukleat sebenarnya sudah dikemukakan oleh Pauling dan Corey. Mereka sangat berbaik hati untuk menyediakan naskahnya kepada kita sebagai bagian dari publikasi. Model yang mereka buat terdiri dari tiga “rantai intertwined “, dengan posfat berada dekat dengan poros dan basa di bagian luarnya. Menurut pendapat kita, struktur yang diberikan tidak memuaskan karena dua hal:

1. Kita percaya bahwa material yang diberikan pada diagram X-ray di garam bukanlah asam bebas. Tanpa atom asam hidrogen, tidak jelas gaya apa yang menyebabkan  strukturnya dapat bersama-sama, khususnya karena adanya medan negatif maka posfat dekat poros akan saling tolak menolak.

2. Beberapa gaya van der walls yang muncul sangat kecil.

Struktur tiga rantai lain juga telah dikemukakan oleh Fraser. Model yang dibuat olehnya, gugus posfat berada diluar sedangkan basanya berada di dalam, saling berikatan menggunakan ikatan hidrogen. Struktur yang dibuat olehnya lebih sulit untuk didefinisikan, oleh karena itu kita tidak akan berikan komentar.

Kami berkeinginan untuk memberikan satu contoh struktur yang jauh berbeda untuk garam DNA. Strukturnya memiliki dua rantai heliks yang melingkar pada sato poros. Kita membuat asumsi lazim secara kimia, bahwa masing-masing rantai terdapat grup posfat diester gabungan reisdu Beta-D-deoksiribofuranosa dengan 3,5. Kedua rantai (kecuali basanya) berhubungan secara tegak lurus dengan poros. Masing-masing rantai secara bebas menyerupai model Furbeg no 1, yaitu dengan basa berada di dalam heliks dan gugus posfat berada diluar. Konfugurasi gula dan atom terdekat mengikuti “konfigurasi standar” Furberg., gulanya secara kasar berikatan dengan basa secara regak lurus. Jarak residu dari masing-masing rantai 34 A Z-Direction. Kita mengasumsikan sudut 36 derajat antara residu yang berdekatan pada rantai yang sama, maka strukturnya berulang setelah 10 residu pada masing2 rantai, yaitu setelah 34 A. Jarak atom atom posfor dari poros sepanjang 10 A. Karena gugus posfatnya berada diluar maka kation dengan mudah mengaksesnya.

Strukturnya terbuka, dan jumlah airnya lebih tinggi. Pada kondisi air yang lebih sedikit kita mengaharapkan basanya lebih miring sehingga strukturnya menjadi lebih padat.

Struktur baru ini terbentuk karena ikatan bersama antara basa purin dan pirimidin. Bagian basanya secara tegak lurus dengan poros. Mereka bergabung menjadi suatu pasangan, satu basa tunggal dari rantai yang lain berikatan hidrogen dengan satu basa tunggal dari yang lain, menjadi dua lapis berdampingan dan mirip secara z-co-ordinate. Satu pasang harus basa purin dan yang satunya lagi basa primidin agar terbentuk ikatan. Ikatan hidrogen yang terbentuk mengikuti: posisi purin 1 ke pirimidin 1 dan posisi purin6 ke pirimidin 6.

Bila diasumsikan bahwa basa hanya berlangsung dalam struktur yang paling mendekati/logis secara tautometri (konfigurasi keto lebih banyak dari enol) ditemukan hanya pasangan basa-basa spesifiklah yang dapat berikatan. Pasangannya adalah: adenin (purin) dengan timin (pirimidin) dan guanin (purin) dengan sitosin (pirimidin).

Dengan kata lain, jika adenin anggota dari pasangan maka di rantai lain haruslah timin begitupun dengan guanin dan sitosin. Urutan basa pada suatu rantai tidak terbatas. Bagaimanapun, bila hanya basa-basa spesifik yang dapat dibentuk, bila urutan basa pada satu rantai diberikan maka urutan basa di rantai yang lain sudah pasti dapat ditentukan.

Telah ditenukan secara percobaan bahwa rasio jumlah banyaknya antara adenin dan timin maupun guanin dan sitosin selalu hampir sama untuk membangun suatu DNA.

Hal ini sngat memungkinkan untuk membangun struktur gula ribosa di tempat deoksiribosa,  dengan gaya vab der walls dari atom oksigen akan menjadi sangat dekat.

Data x-ray yang sebelumnya telah di publikasi tidaklah cukup untuk di tes secara teliti ke struktur yang telah dibuat. Sejauh yang dapat kita sampaikan, secara perhitungan kasar cukup cocok dengan data percobaan, tetapi masih harus dianggap belum terbukti sampai dibandingkan dengan data yang lebih akurat.

Paragraf selanjutnya ga penting…

 

Struktur molekul dari asam nukleat deoksipentosa

ketika keterangan struktur secara biologis dari asam nukleat deoksipentosa dikemukakan masih mengandung kerumitan yang cukup besar, dibandingkan dengan pelajaran difraksi X-ray yang sebelumnya. Tujuan dari publikasi adalah untuk: pada tahap awal, beberapa bukti percobaan untuk konfigurasi rantai polinukleotida menjadi heliks, dan berada dalam bentuk seperti ini dalam keadaan di alam. Hasil percobaan yang lengkap akan dijelaskan secara singkat.

Struktur dari asan nukleat deoksipentosa sama untuk semua spesies (meskipun ada pertimbangan ratio basa nitrogen ) di nukleoprotein, tersektrak ataupun didalam sel, dan purify nukleat. Grup linear yang sama dari rantai polinukleotida bisa di satukan bersama secara pararel dalam berbagai cara kristalin, semi-kristalin atau material parakristalin. Pada setiap kasus photograph difraksi x-ray terdapat dua daerah, satu ditentukan secara luas oleh regular spacing dari nukleotida sepanjang rantai, dan yang lainnya ditentukan oleh longer spacings dari konfigurasi rantai. Urutan perbedaan basa nitrogen sepanjang rantai tidak dibuat terlihat.

Orientasi parakristalin asam nuklea deoksipentsa (struktur B di bahasan selanjutnya oleh Franklin dan Gosling) digambarkan sebuah diagram fibro di gambar 1. Astbury mengemukakan bahwa 34 A yang kuat ber korespondensi dengan inter nukleotida secara berulang sepanjang poros. Garis lapis 34 A, entah kenapa tidak berisi keberulangan dari komposisi polinukleotida, tetapi untuk konfigurasi berulang, yang menyebabkan difraksi yang kuat sebagai rantai nukleotida memiliki densitas yang tinggi dibandingkan dengan air inrestisial. Ketidak adaan pantulan pada meridian dekat dengan cepat dikemukakan struktur heliks dengan poros paralel ke panjang benang/rantai DNA.

Difraksi oles heliks

Ini dapat diperlihatkan bahwa intensitaas distribusi di pola difraksi dari series point sama dengan sepanjang bagian kosong dari heliks pangkat dari fungsi Bessel. Keseragaman berlanjut heliks memmberikan garis lapis dari koresponden bagin kosong menuju puncak heliks, intensitas distribusi sepanjang garis lapis ke-n orde fungsi Bessel. Garis lurus dapat digambarkan mendekati melalui maksima inermost dari masing-masing fungsi besssel. Pada sudut garis ini membuat secara kasar di equator persamaan sudut antara unsur-unsur di heliks dan poros heliks. Jika unit terulang sebanyak n kali sepanjang heliks maka akan terdapat pantulan meridional (Jo2) di garis lapis n kali. Konfigurasi heliks mngahsilkan side-band di frekuensi dasar, efeknya dijadikan untuk menghasilkan intesitas distribusi asal mula lingkaran di n kali garis lapis, korespondensi ke C di gambar 2.

Kita dapat dengan mudah menganalisa secara fisik beberapa efek dari bentuk dan ukuran unit berulang atau nukleotida pada pola difraksi. Pertama, jika nukleotida berisi dari unit yang melingkar simetris sekitar poros paralel menuju poros heliks, kesuluruhan pola difraksi dimodifikasi oleh faktor bentuk dari nukleotida. Kedua, jika nukeotida terdapat series point pada radius di sudut-kanan menuju poros heliks, fase dari radiasi tersebar oleh heliks dengan diameter yang berbeda melalui masing2 poin adalah sama. 

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s